Năm 1888, nhà văn du khảo và khảo cổ học Áo-Hung Felix Kanitz đến thăm Ljubostinja và phát hiện quan tài cạnh bức tường phía nam đã được mở ra, tìm thấy ba bộ xương người nhà Nemanjić trong đó.[142] Do giai thoại liên quan đến căn hầm bí mật, những kẻ săn kho báu đã bí mật đào bới xuyên vào để tìm kiếm. [143] Khi Bộ Giáo dục tiếp quản việc chăm sóc cổ vật, Mihailo Valtrović tận dụng ngay những đường hầm đào trộm đó tiến hành khảo cứu năm 1904. Cuộc khai quật Ljubostinja này được coi là khởi đầu lịch sử điều tra khảo cổ học Trung Cổ và an táng hoàng gia trên lãnh thổ Serbia.[144]

Những dữ liệu thu thập được được xuất bản trên tạp chí Starinar năm 1906. Valtrović đã phát hiện ra hai ngôi mộ trong hành lang, một trong số đó dài 2,58 mét, rộng 1,17 mét và sâu 1,67 mét.[143] Đurić viết rằng đây chính xác là mộ Công nương Milica, vì thời đó quy định mộ hoàng gia được xây dựng trong gian giữa, thi hài bà được chuyển vào quan tài mới vào cuối thế kỷ 18.[145]

Tu viện trưởng Sevastijan (Putnik) cũng để lại ghi chú về những ngôi mộ trong tập sách nhỏ năm 1927. Ông cũng chép dân chúng từng tin rằng thi hài Stefan Lazarević nằm trong quan tài người sáng lập, nhưng điều này không thể có được vì khi mở mộ ra không thấy xương trong đó (nhưng cũng không biết ai mở và mở khi nào).[146][147] Putnik có đề cập đến chiếc rương nhỏ trên quan tài này, bên trong lưu giữ xương các thượng phụ Serbia là Danilo, Nikodim và Thánh Prohor xứ Pčinja.[147]

Năm 1966 tiến hành nghiên cứu chuyên nghiệp và quy mô nhất từng có tại Ljubostinja, sử dụng đầu dò dọc theo mặt bắc thánh đường, đạt đến độ sâu chôn móng (0,9-1,2 mét). Từ đó phát hiện ra một số ngôi mộ song song và có tổng cộng mười bộ xương mà nhà khảo cổ học Mirjana Ljubinković khai quật được.[148] Tất cả xương đều khoanh tay trước ngực, và duy nhất một thi hài lộn ngược với đầu hướng về phía đông còn chân hướng về tây.[148] Một bộ xương có bảy hạt ngọc tai trắng dưới tay.[148] Ở phía nam gian giữa, đối diện với mộ Công nương Milica, Ljubinković phát hiện ra một ngôi mộ khác dưới sàn, trong đó có một số răng và mảnh da, vun thành đống.[149] Không thu nhận được bằng chứng nào chứng tỏ sự tồn tại nhà thờ nguyên thủy ban đầu danh cho Thánh Stephen, mà giả thuyết tu viện được xây dựng trên nền móng đó.[150]

Nghiên cứu năm 1966 cũng dẫn đến việc phát hiện thêm 32 ngôi mộ bên trong và xung quanh nhà thờ, chứng tỏ nơi đây giống như một thánh địa tưởng niệm cộng đồng tu sĩ và giới quý tộc Serb đã suy tàn.[151] Các nhà khảo cổ xác định sự sùng bái người sáng lập ở Ljubostinja liên quan đến narthex chứ không nằm trong gian giữa.[139] Lượng lớn hài cốt phát hiện được nay đặt trong hang đá, phía đông nam cổng.[152][153]

Giai thoại dân gian rất tích cực đề cao công nương Milica trong thời góa bụa, để lại rất nhiều chi tiết hình ảnh đầy màu sắc, biểu tượng, truyền khẩu và văn tự về việc chuyển thi hài các anh hùng trận Kosovo về Ljubostinja, [12] Kruševac và Ravanica, tất nhiên có thể hơi khác nhau.[154] Sử thi dân gian Propast carstva srpskoga (Đế chế Serb sụp đổ) kể rằng Milica dẫn đoàn tùy tùng gồm thượng phụ, 12 giám mục, linh mục, tu sĩ, phó tế và góa phụ các anh hùng tử sĩ đến Kosovo. Họ tìm kiếm và thu thập những gì còn sót lại của các chiến binh đã ngã xuống. Ở đó, bà tìm thấy xác Milan Toplica, Ivan Kosančić, Miloš Obilić, thấy đầu anh mình nổi trên mặt nước, sau cùng là tìm thấy đầu Hoàng thân Lazar.[154] Thực tế là không một lãnh đạo quân sự nổi tiếng nào được an táng tại Ljubostinja. Câu chuyện Ljubostinja hoàn toàn dựa trên nguyên mẫu sử thi về những góa phụ ở Kosovo,[12] được truyền tụng và khai thác trong nhiều thế kỷ.[155] Điều này có thể thấy qua bản ballad Smrt majke Jugovića (Cái chết của mẹ Jugović) mà thực ra theo quan điểm lịch sử phải là mẹ công nương Milica, nhưng văn chương xóa nhòa mà chỉ coi bà là nhân vật trước khi được lịch sử ghi chép lại.[156]

Các trưởng lão Arsenije Ljubostinjski, Arsenije Stefanović, Janićije, Danilo, Venijamin, Sevastijan, Varvara, các linh mục Nikon và Damjan, chị em Evgenija và Antonija, và nhiều người khác đã ghi dấu ấn trong lịch sử của tu viện, được chôn cất trong nghĩa trang của tu viện.